Інстытут пагранічнай службы ўтвораны ў адпаведнасці з Указам Прэзідэнта Рэспублікі Беларусь ад 5 мая 2010 года № 237. і з'явіўся правапераемнікам традыцый пагранічнага факультэта ўстановы адукацыі "Ваенная акадэмія Рэспублікі Беларусь". Цяпер Інстытут з'яўляецца ВНУ, якая ажыццяўляе падрыхтоўку, перападрыхтоўку і павышэнне кваліфікацыі супрацоўнікаў для органаў пагранічнай службы Рэспублікі Беларусь.